Misaki Sakashita
Ph.D student of Laboratory of Pattern Formation, Osaka Univ.
RESEARCH
Education
JSPS DC2 (日本学術振興会特別研究員DC2), April 2019 - March 2021
公益財団法人尚志社奨学生, April 2016 - March 2019
Laboratory of Pattern Formation (Kondo Lab), Osaka Univ.
(大阪大学大学院生命機能研究科パターン形成研究室), April
2016 -
Current
My master's thesis: Mathematical modeling to explain the formation of fish
vertebra shape
based on the structural inspection by
micro-CT
修士論文：マイクロCTによる構造観察と数理モデルの構築から推定される魚類椎骨の形態形成メカニズム
Fujimoto Lab, Osaka Univ. (大阪大学理学部理論生物学研究室), April 2012 - March
2016
卒業研究：特徴的な形をした魚群の形成を個体の行動から理解する
Publication
Misaki Sakashita, Mao Sato, Shigeru Kondo (2019)
Comparative morphological examination of vertebral bodies of teleost fish using high‐resolution micro‐CT scans
Journal of Morphology, John Wiley & Sons, Inc.
Misaki Sakashita, Tsuguo Kondoh, Atsushi Kawamoto, Emmanuel Tromme, Shigeru Kondo (2018)
Biologically Inspired Topology Optimization Model with a Local Density Penalization.
MATHMOD 2018 Extended Abstract Volume, ARGESIM Publisher, ARGESIM Report 55, pp59–60.
Book
坂下美咲，近藤滋，動物学の百科事典第６章動物の発生「生物の形態形成と反応拡散系」, 丸善出版, 2018年9月刊行
Awards
第39回日本骨形態計測学会学術奨励賞
Seminar/Talk
坂下美咲，”トポロジー最適化を用いた魚類椎骨の形態形成メカニズムの数理モデル化”，第104回北大MMCセミナー，北海道大学電子科学研究所，2019年11月
International Conference
Misaki Sakashita, Tsuguo Kondoh, Atsushi Kawamoto, Emmanuel Tromme, Mao Sato, Shigeru Kondo, Modelling the force-dependent morphogenesis of fish vertebra with topology optimization, 2018 Annual Meeting of the Society for Mathematical Biology & the Japanese Society for Mathematical Biology, Sydney Australia, July 2018 (Oral)
Misaki Sakashita, Tsuguo Kondoh, Atsushi Kawamoto, Emmanuel Tromme, Shigeru Kondo, "Biologically Inspired Topology Optimization Model with a Local Density Penalization", Mathematical Modelling - 9th MATHMOD 2018, ThEPL.30, Vienna Austria, February 2018 (Poster)
Domestic Conference
坂下美咲，山﨑慎太郎，矢地謙太郎，近藤滋，”トポロジー最適化を用いた数理モデルによる魚類椎骨の多様な形態の再現”，第29回設計工学・システム部門講演会，2108，東北大学片平キャンパス，2019年9月（口頭）
坂下美咲，山﨑慎太郎，矢地謙太郎，近藤滋，”トポロジー最適化を用いて魚類椎骨の異なる形態を外力に基づき説明する”，2019年度日本数理生物学会年会，O-13，東京工業大学大岡山キャンパス，2019年9月（口頭）
坂下美咲，佐藤真央，山﨑慎太郎，矢地謙太郎，近藤滋，”魚類椎骨のマイクロCTを用いた観察に基づく形態形成メカニズムの数理モデル化”，第39回骨形態計測学会，Ⅶ-2，北九州国際会議場，2019年7月（口頭）
坂下美咲，山﨑慎太郎，矢地謙太郎，近藤滋，“マイクロCTによる構造観察とトポロジー最適化に基づいた魚類椎骨の形態を形成する数理モデル”，計算工学講演会，D-09-03，大宮ソニックシティ，2019年5月（口頭）
Misaki Sakashita，“Mathematical modeling of the formation of fish vertebrae (魚類椎骨の形態形成の数理モデル化)”，FBS Retreat 2019，淡路夢舞台，2019年5月（ポスター）
Misaki Sakashita，“Pattern Formation in 2D/3D (2次元・3次元のパターン形成)”，FBS Retreat 2019，淡路夢舞台，2019年5月（口頭，英語）
坂下美咲，近藤継男，川本敦史，山﨑慎太郎，矢地謙太郎，Emmanuel Tromme，佐藤真央，近藤滋，“トポロジー最適化を用いて魚類椎骨の形態を再現する数理モデルの構築”，日本機械学会第28回設計工学・システム部門講演会，2315，読谷村文化センター，2018年11月（口頭）
坂下美咲，佐藤真央，近藤滋，“魚類椎骨のマイクロCTを用いた比較形態観察による形態形成メカニズムの推定”，2018年度日本魚類学会年会，101，国立オリンピック記念青少年総合センター，2018年10月（ポスター）
Misaki Sakashita, Tsuguo Kondoh, Atsushi Kawamoto, Emmanuel Tromme, Mao Sato, Shigeru Kondo, “Modeling the force-associated morphogenesis of fish vertebra”, CREST「生命動態の理解と制御のための基盤技術の創出」第6回領域会議，OIST，2017年11月（ポスター）
坂下美咲，佐藤真央，近藤滋，“魚類脊椎骨の３次元形態形成の研究”，日本動物学会第88回富山大会，P099，富山県民会館，2017年9月（ポスター）
坂下美咲，近藤滋，“魚類の椎骨側部にある梁状構造ができる原理”，第37回日本骨形態計測学会，Ⅵ-1，大阪国際会議場，2017年6月（口頭）
Other Presentation
トポロジー最適化を用いた魚類椎骨の形態再現，藤本研10周年同窓会，2018年11月（口頭）
生物学とプログラミング，第3回CAMPHOR-×KMC合同LT大会，2017年10月（口頭）
ENGINEERING
Products
Web application showing the 3D mesh of the vertebral body of teleost fish. Made using WebGL in 2019.
Command line tool translates a single word or sentence between Japanese and English. Made by Python in 2017.
Website of Lab. of Pattern Formation, Osaka Univ. Made by HTML5/CSS3 (Bootstrap) in 2017.
Diffusion-limited aggregation (DLA) model is a mathematical model that makes a branched pattern. Made by Processing in 2017.
Work Experience
TOYOTA CENTRAL R&D LABS., INC., summer internship, August 2017 - September 2017
ROBOTSCOOL JAPAN, chief teacher, March 2013 - March 2016
ILLUSTRATION
Products
Items with the research subject (animal skin pattern) of Lab. of Pattern Formation. Made by Affinity Designer in 2019.
An illustration for New Year's Day in 2019. Made by Affinity Designer in 2019.
Logotype for the event "もくもく会" by CAMPHOR-. Made by Affinity Designer in 2018.
Mascot of the Center for Education in Liberal Arts and Sciences (CELAS) in Osaka Univ. We informally call him "celas-kun (セラスくん)." Made by Photoshop in 2016.
Line stickers of my mascot misarabbit (ミサラビット). Made by Photoshop in 2015. Please buy them!
Hand-painted illustration for the cover art of the CD provided in the freshman welcome concert of FreundChor (the chorus club of Osaka Univ. ). Made in 2013.